Les protestants prennent les armes sous la direction du prince Louis de Condé qui occupe Orléans. Ils s’emparent par surprise de plusieurs grandes villes situées sur la Loire.
Le pays s’installe dans la guerre civile.
Prise au dépourvu par la précipitation des événements, Catherine de Médicis tente une ultime démarche pour maintenir la paix entre les deux partis, mais le duc de Guise entreprend un coup de force en contraignant le jeune roi Charles IX et sa mère à le suivre à Paris sous le prétexte de les protéger des protestants, les obligeant par ce moyen à prendre le parti des catholiques.
- La plus importante est celle qui se déploie en Normandie et sur la Loire, où l’armée royale tente de reprendre Orléans qui sert de point de ralliement des protestants.
- La deuxième zone de combat se situe dans le Sud-Est, en particulier en Languedoc abandonné presque entièrement aux protestants,
- La troisième dans le Sud-Ouest où Burie (Charles de Coucis), Lieutenant général en Guyenne, aidé de Blaise de Monluc sauve Bordeaux et bat les protestants à la bataille de Vergt.
Après la prise de Rouen où le roi de Navarre a trouvé la mort, l’armée royale commandée par les triumvirs se porte sur la Loire pour empêcher la jonction de l’armée de Condé avec la ville du Havre qui venait d’être livrée par les protestants aux Anglais. La bataille a lieu à Dreux, le 19 décembre 1562. Les protestants sont battus et le prince de Condé est capturé, mais le camp catholique souffre également de plusieurs pertes ; le maréchal de Saint-André est tué et le connétable Anne de Montmorency fait prisonnier par les protestants.
La mort de François de Guise au siège d’Orléans dans une embuscade permet à Catherine de Médicis de proposer la paix.
Elle lance des négociations avec le prince de Condé qui est son prisonnier, qui aboutissent le 13 mars 1563 à la signature de la paix dans l’Isle aux Boeufs près d’Orléans confirmé le 19 mars par l’édit d’Amboise.
L’édit d’Amboise le 19 mars 1562 [2]
L’édit autorise le culte protestant dans certains lieux réservés (chapelle des châteaux, une ville par bailliage) et rouvre une période de tolérance civile. Il précise que personne ne doit être inquiété pour ses opinions religieuses.
Si les villes de Rouen, Orléans et Lyon sont rendues au roi, la guerre y a laissé de lourdes plaies (la première guerre de Religion a été très destructrice). Les églises et les cathédrales prises par les protestants ont été extrêmement endommagées. La fin de la guerre amène beaucoup de catholiques à se venger des protestants et durant l’année 1563, de nombreux procès sont intentés pour condamner les protestants qui ont pillé les églises.
Finalement, la paix imposée par la reine-mère reste précaire. Le parlement de Paris renâcle à enregistrer le nouvel édit de paix qu’il juge trop tolérant.